ゲノムの塩基配列は、染色体9q31対象領域に存在する5つのコスミドクローンを用いてショットガン法で決定した。得られた塩基配列をワークステーションを用いて連結編集し、コンピュータープログラムを用いて解析した。脳、骨格筋をテンプレートにRT-PCR(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction)を行い、サブクローニングして塩基配列を決定し、FCMD遺伝子のalternative splicingの解析を行った。

　総塩基数は131,892bpであり、FCMD遺伝子はゲノム上約100kbに渡っており、41bpから6,067bpにわたる10個のエクソンと1,841bpから21,460bpのイントロンで構成されていた。すべてのスプライス部位はAG/GTのコンセンサス配列に従っていた。またmRNA転写開始部の上流にTATA boxを同定した。

　9q31はG-bandであるが、解析を行った全領域においてGC配列は37.53%であり、Alu elementsは38コピー、塩基配列として7.49%存在した。L1 elementsは26コピー、塩基配列として22.64%存在した。(CA)₂₁repeat、(TGAA)₅repeat、(TA)₁₁repeatも認められた。

　EST探索では3つのESTクラスターが見られ、そのうち1つはFCMD遺伝子に相当し、他の1つはpseudogene、残る1つは新規tyrosine kinaseと思われた。

　FCMD遺伝子alternative splicingの解析により、major transcriptは全長cDNAと同様であったが10以上のminor transcriptsが得られた。フレームシフトにより、短いtranscriptsとなるものや、アミノ酸置換の起きた比較的長いtranscriptsが見られた。

　脳での遺伝子発現についてはノーザンブロット解析、RT-PCR、in situ hybridizationにより解析した。ノーザン解析において、胎児組織、成人脳各部位で、同程度FCMD遺伝子の発現が確認された。RT-PCRでも胎児各時期、小児、成人脳組織で発現に大きな差は認められず、コントロール胎児とFCMD胎児、コントロール成人とFCMD成人患者の比較では、患者において発現の著明な低下が認められた。細胞株では、神経系の細胞において優位に発現していた。

　in situ hybridizationでは、胎児脳で神経前駆細胞を含む発生過程の全ての神経細胞とCajar-Retzius細胞に発現が見られた。成人脳でも、大脳皮質神経細胞に発現が継続して認められた。また海馬錐体細胞、歯状回神経細胞、小脳のプルキンエ細胞、顆粒細胞にも発現が認められた。glia limitans-基底膜複合体には発現を認めず、分子層、白質のダリア細胞にも発現を認めなかった。

　FCMD胎児では、病変のない領域で軽度のシグナルを比較的連続的に認めるが、病変部(皮質構築の障害)では、著明に発現が低下しており、連続性も消失していた。FCMD成人患者では、全体としてシグナルは正常と比較して弱いが、病変部のないところでは比較的よく発現しており、病変部位では大きく発現の低下している細胞群と弱く発現している細胞群が集簇して認められた。

　FCMD遺伝子周辺のゲノム構造の決定は、FCMD遺伝子の新たな遺伝子変異の探索、FCMD遺伝子の転写制御の検討、新規遺伝子同定に有用な情報である。

　またFCMD遺伝子のalternative splicingの検索において、10以上のminor transcriptsが得られた。minor transcriptsの意味付けは現在のところ不明であるが、正常fukutinに加えてminor transcriptsが別の機能を持ち相補している可能性は否定できない。

　中枢神経系において、基底膜は神経組織と軟膜の間にあり柔膜-グリア壁の一部を構成する。電顕所見では基底膜は、astrocyteのすぐ上に存在していることがわかりこの構造上の知見によりastrocyte、間葉系の細胞群(軟膜、血管など)が基底膜と関係する蛋白を生産すると考えられている。FCMD胎児の病理所見の検討により皮質異形成を呈する病変部ではglia limitans-基底膜に破れがあり電顕所見で基底膜は見られないことから、fukutinは基底膜形成に関与すると考えられていた。

　しかしながら今回のデータは、発生過程からCajar-Retzius細胞を含む遊走に関与する神経細胞に発現が認められ、成人まで継続していた。すなわち本来基底膜と接していないニューロンで発現が見られており、fukutin蛋白質が神経細胞の遊走自体に関与する可能性や、fukutin蛋白質(細胞外蛋白質?)がニューロンで産生され分泌され基底膜の形成に関与する可能性もある。またFCMD患者において、病変部、正常部の発現レベルに差が見られたことは、FCMD遺伝子変異によるmRNAの不安定性が、発生のある段階で細胞ごとにmRNA量の差を生じ、病変部正常部を区別する可能性も考えられる。